方剂学是中医学院的主干课程之一，方剂学科是全国最早拥有方剂硕士和博士学位授予权的学科。2001年被教育部批准为国家重点建设学科，方剂学课程2006年被批准为北京市精品课程。在王绵之教授、李庆业教授、谢鸣教授等带领下，经过几代人的努力，学科建设取得了长足的发展，为方剂学课程建设奠定了坚实基础。
新近一些年，方剂学科先后开展了以“启发学生心智”和“强化实践教学”为主题的本科方剂学“跨学年二段式课程”、案例实训及PBL教学探索；与中医诊断学教研室联合开设了体现辨证论治特色的教改课程《中医辨证论治学基础》；经多年研究实践，逐渐形成了符合本科-硕士-博士不同层次的特点的专业课程体系，其中为本科不同专业和学制开设《方剂学》，为方剂专业硕士和博士生开设的《中医处方方法学》、《方剂学专题》、《方剂学专论》、《方证病机学》等课程，具有明显的学科特色，深受研究生欢迎。由方剂学科专家牵头组织编写了多部全国中医药院校规划教材《方剂学》及学术专著30余部，其中多部获北京市高校精品、全国优秀教材及优秀科技著作奖。教研室自编教材《中医处方方法学》、校教学改革教材《中医辨证论治学基础》，也被用于中医专业的本科教学，受到学生的好评。近年来，学科先后发表教育教学探讨方面的论文50余篇，获得校级教学成果奖3项。
方剂教研室师资力量雄厚，有多位教师在多个年度获得北京中医药大学优秀主讲教师荣誉，或在大学及学院组织的教学比赛中获奖；《方剂学》课程连续多年蝉联校级优秀主讲课程；方剂教研室与中医诊断教研室共同承担的教改课程《中医辨证论治学基础》，也多次获得优秀主讲课程称号。谢鸣教授曾荣获2012年首届“北京中医药大学名师”称号；谢鸣教授和杨桢教授曾多次获得北京中医药大学“我最喜爱的老师”称号。