中医基础理论教研室成立于1956年建校伊始。由老一代中医学家印会河、程士德、刘燕池等教授奠基，经过60余年的发展，现已拥有一支素质高、教学经验丰富、结构合理的学术梯队。目前共有教师专职教师8人，双肩挑2人，其中教授7人，副教授2人，讲师1人，其中具有博士学位的9人，博士生导师3人，硕士生导师6人。现任教研室主任马淑然，副主任王彤，教学秘书许筱颖。教研室主要承担本科生、硕士生及博士生、留学生、成人教育等各层次的教学。所教授课程主要有：《中医基础理论》、《中医学基础》、《中医基础理论概论1》、《中医基础学》、《西方社会医疗保健体系》、《中国民族医学概论》《中医基础理论创新创业导论》《中医经筋理论与浮针疗法》等。在历任教研室主任和全体老师的共同努力下，在教学、科研、临床等方面稳步发展，不断提高。中医基础理论学科1993年成为国家中医药管理局重点学科，2001年成为教育部重点学科，是“211”重点建设项目，是国家第一批中医学硕士学位、博士学位授权点，并已建立博士后流动站。

　　在科学研究方面，中医基础理论学科现有三个主要的研究方向：（1）脏腑相关理论研究；（2）五脏应时理论研究；（3）中医理论体系研究。目前承担国家级课题20余项，获得省部级以上科研奖励10余项，发表SCI论文10余篇，中文核心期刊300余篇。

　　在教学研究方面，教研室老师不断创新、改革教学模式，高质量完成相关教学资料建设，发表多篇高质量教学论文。2007年《中医基础学》被评为北京市精品课程。2010年被评为国家精品课程。2013年高质量建成《中医基础学》国家级精品资源共享课并获奖，2017年成功申报了北京中医药大学慕课建设。

　　在教材编写方面，在国家“十一五”规划教材、“十二五”规划教材，“十三五”规划教材、全国普通高等教育中医药类精编教材、新世纪全国高等中医药院校规划教材、新世纪高等中医药院校七年制规划教材 、21世纪高等中医药院校教材、北京市精品教材等编写中，担任主编的有5人次，担任副主编的有9人次，担任编委的有15人次。

　　教研室非常重视教研活动，定期开展集体备课活动，坚持开展研究性教学，充分贯彻“以学生为中心”的教学理念，并进行了一系列的教育教学改革，团队教师在教学研究课题、教学成果、教学论文等方面成绩显著，并已在教学中充分体现。

　　在教学科研之余，教研室积极进行临床实践，积极带教学生，服务于社会，服务于患者，多次参加社区健康讲座、义诊等社会服务。有5名老师还担任了朝阳区师带徒指导老师。