基础医学院有教育部一级学科一个为中医学科；国家级二级重点学科五个，分别是中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中西医结合基础、中医临床基础；国家中医药管理局重点学科十一个，分别是伤寒学、中医基础理论、中西医结合基础、中医诊断学、内经学、金匮要略、古汉语与医古文、中西医结合药理学、中医循证医学、中医体质学、航海中医药学；北京市重点学科三个，分别是中医医史文献、中医临床基础、中西医结合基础。