中医学院是北京中医药大学历史最长、规模最大的集教学和科研及医疗服务为一体的学院。其前身为北京中医学院中医系，创建于1956年。1980年经卫生部批准成立了中医基础理论研究所，实行系所合一的管理体制，1985年更名为中医基础医学部。1996年1月经教育部批准更名为北京中医药大学基础医学院。2000年6月，原北京针灸骨伤学院与北京中医药大学合并，划归教育部管理，同时成立了新的北京中医药大学基础医学院。2016年9月，基础医学院更名为中医学院。

　　自创办之日至今，许多为新中国中医药事业做出开创性贡献的国医泰斗在中医学院执掌教席，经过近60年的学术积淀，现学院优秀师资丰厚，名师荟萃；重点学科数量多，实力雄厚，科研成果显著，国际交流频繁；教学基地完善，体系健全，专业设置合理，特色突出。

　　近60年来，中医学院培养了一大批功底深厚、学验俱丰的国医大师与国医精英，在中医学理论、科研及临床研究应用等各个领域取得了丰硕的成果。国医大师2名；“973”首席科学家3名；长江学者2名；全国名中医2名；全国名老中医13名；国家百千万人才工程人选2名；教育部新世纪人才2名；国家级教学名师2名；首届百名杰出青年中医1名；全国中青年医学之星3名；首都国医名师2名；教育部“高校青年教师奖”获得者2名；北京市教学名师8名；北京市优秀教师3名；北京市科技新星10名；享受国务院特殊津贴的专家先后有37名。

　　目前学院有专职教师184人，其中教授66人，副教授77人。博士生导师50人，硕士生导师99人。学院下设17个教研室，6个研究中心、2个实验中心。其中中医学和中西医结合基础学科为国家级一级重点学科，两个学科在全国排名均是第一；12个局级重点学科和2个北京市重点学科，博士、硕士学位授予点各12个，2个博士后流动站，5个国家中医药管理局重点实验室，3个国家中医药管理局重点研究室，其综合实力在全国同类学院中名列前茅，现已成为全国乃至全世界中医药学术的权威学府。