实验教学中心成立于2001年，由原有学院各课程实验室整合资源按学科设置而构建。中心设主任1名，副主任2名。现有专职人员12人，其中正高职称1人，副高职称5人。
中心在解剖、生物、组胚、生化、生理、免疫、病理和药理等8个北京市基础课合格教学实验室的基础上，依托国家级人才培养基地（国家基础科学人才培养基地）的优势，定位于“夯实基础知识，锻炼实践能力，培养临床素养，提高创新意识”的办学理念，坚持“四性一体”的建设发展模式，即：基础性、实践性、开放性、创新性和以实验教学中心为实体。
中心在重视中医药特色教学的基础上，借助现代医学先进技术，积极推进中医学实验教学改革，充分发挥实验教学对提高中医人才培养质量的重要作用，为其成长和成才奠定坚实的基础。2009年被评为北京市教学示范中心，2012年被评为国家级教学示范中心。2015年被评为北京高等学校示范性校内创新实践基地。
学校进驻良乡校区后，中心在新校区拥有近1万多平方米的实验教学中心大楼，并于2016年投入使用。中心下设5个实验平台，分别是：基本实验技术实训平台，基础实验实训平台，综合创新实验实训平台，中医特色实验实训平台和医学实验教学信息化平台。每个平台下有具体的实验室，如形态学实验教学实验室有4间显微互动实验室，每间实验室可容纳40名学生。细胞学实验教学实验室有2间细胞实验室，可同时容纳40人进行细胞培养操作。分子生物学实验教学实验室，有2间实验室，可同时容纳60人完成基本的分子生物学实验。动物操作实验教学实验室，有3间实验室，每间实验室可满足40人完成各项动物操作。机能学实验教学实验室有4间实验室，每间实验室有8套生物信号采集系统，可容纳32人进行机能学实验。中医特色实验教学实验室有6间实验室，可完成中药饮片辨识和中诊技能实训。综合创新实验室有2间实验室，可完成石蜡切片制作、细胞培养和分子生物学实验，主要供大学生课题组完成实验项目。
实验教学中心在以实践实训为基础，创新开放为导向，为全校师生服务为宗旨，成为培养高级中医药人才的重要基地。